Roman Atheis mengetengahkan perkembangan yang khas bagi masyarakat Indonesia sejak permulaan adab kedua puluh, yakni pergeseran gaya hidup yang tradisional ke gaya hidup yang modern. Pergeseran itu membawa serta perselisihan dan bentrokan antara paham-paham yang lama dan yang baru, terjadi khasusnya di lapangan sosial budaya dan politik. Perkembangan di dalam masyarakat itu tidak luput meninggalkan pengaruhnya kepada pengalaman batin manusia. Keresahan batin di tengah-tengah bergeloranya pertentangan paham di zaman penjajahan Belanda dan Jepang menjadi pokok perhatian roman ini.