Buku Atlas Sejarah Indonesia Masa Islam berisikan tujuh bab yang terdiri atas Bab I Pendahuluan, Bab II Sumatra: Dikenal karena Harumnya Kapur dan Barus, Bab III Pulau Jawa: Tanah Para Wali, Bab IV Kepulauan Sunda Kecil, Bab V Kalimantan: Penghasil Batu Permata dan Kapal Kayu, Bab VI Sulawesi: Asalnya Pelaut Pengawal Amanagappa, dan Bab VII Kepulauan Maluku dan Papua.